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糖脂代謝是國自然資助重點 2016 年，國家自然科學基金委公布的「十三五」發展規劃中，糖脂代謝的穩態與功能調控機制被列為生命科學優先發展領域。在首批重大項目中，脂代謝可塑性調控的分子與細胞機制也被劃為生物醫學領域的五個重大項目之一。隨后糖脂代謝多次在國家自然科學基金中 C 位出鏡，成為新的研究熱點。從2018年開始，國自然已連續3年發布了糖脂代謝重大研究計劃。近期關于2020年的研究計劃也新鮮出爐，詳見【國自然】糖脂代謝的時空網絡調控重大研究計劃2020年項目指南。 由此可見，糖脂代謝將會是當前以及未來幾年的研究熱點。 國內多位糖脂代謝專家發布最新研究進展 糖脂代謝是細胞及機體能量與物質來源的重要生命過程，其穩態平衡是機體應對內外時空環境變化的重要保障。越來越多的證據表明，脂質不僅是生物膜的骨架成分和生物體的能量供應者，而且參與多種生命過程，具有重要的生理功能。糖脂代謝失衡容易導致肥胖、糖尿病等各類代謝性疾病、心血管疾病、肝病以及腫瘤等重大疾病的發生，嚴重威脅人類健康。因此對于糖脂代謝的核心機制、時空網絡調控及其在生理病理條件下的變化規律，具有重要的研究意義。糖脂代謝異常引發人體各種重大疾病 更多關于糖脂代謝的研究進展，小編建議各位老師可以查看，去年武漢大學宋保亮教授牽頭組織，邀請清華大學陳立功教授、北京大學陳曉偉教授等多位專家聯合撰寫了“糖脂代謝”長篇英文綜述，“Regulation of Glucose and Lipid Metabolism in Health and Disease”。（圖片來自細胞世界） 全文39頁，3萬7千余字，包含9幅示意圖，從六個方面系統總結了糖脂代謝研究領域的最新重要進展，包括： 膽固醇代謝通路及其代謝異常引起的疾病(Cholesterol metabolism and diseases)； 脂蛋白的分泌與調控(Cholesterol homeostasis regulated by the cellular secretory pathway)； 脂滴的形成與分解(The storage and usage of neutral lipids)； 轉運蛋白的功能、機制與對脂代謝的調控(Transporters and lipid metabolism)； 肝臟的糖異生調控機制(Regulation of hepatic gluconeogenesis)； 人類遺傳學與脂代謝研究(Human genetics and lipid metabolism)。 您會用到的糖脂代謝研究技術 糖代謝和脂代謝是糖脂代謝研究的核心內容。對糖代謝的研究，主要是集中在能量代謝。對脂代謝的研究需要用到近年備受關注的脂質組學技術。此外脂質組技術也應用于標志物篩選，外泌體研究，食品營養成分分析以及植物發育與脅迫等方向。脂質組相關的文章數量和國自然資助項目均呈顯著增長的趨勢。 糖脂代謝經典研究案例（部分中科新生命合作發表文章） 為了讓各位老師更好的了解糖脂代謝的研究思路，小編精選了幾篇中科新生命合作發表的客戶文獻，如下所示。其研究思路經典，供各位老師參考，如需原文，可添加微信：19946181033，并備注“索取脂質組項目文章”。1. Hepatocellular Carcinoma-Associated Protein TD26 Interacts and Enhances Sterol Regulatory Element-Binding Protein 1 Activity to Promote Tumor Cell Proliferation and GrowthHepatology IF=14.971肝癌是全球癌癥相關死亡的主要原因。脂肪生成增加在肝癌的進展中起著關鍵作用。然而，導致肝癌脂肪生成增加的潛在機制仍不清楚。來自上海交通大學的研究人員，通過脂質組+能量代謝+qPCR等技術，揭示了肝癌相關的蛋白TD26對肝癌細胞的糖代謝沒有影響，但依賴于SREBP1促進脂肪生成增加和腫瘤細胞增殖。TD26與SREBP1的相互作用可以作為肝癌治療的潛在靶點。 2. Ginseng-derived nanoparticles alter macrophage polarization to inhibit melanoma growthJ Immunother Cancer IF=8.676腫瘤相關巨噬細胞在抑制腫瘤的M1型和促進腫瘤的M2型之間存在不同的極化狀態。為了解人參的細胞外囊泡（EVs）能否可以調節M2型極化從而促進癌癥的免疫治療。來自南京中醫藥大學的研究人員通過脂質組等技術，揭示了人參來源的細胞外囊泡 (GDNPs) 可有效促進M2至M1的極化，并產生活性氧，從而促進小鼠黑色素瘤細胞的凋亡，同時表明GDNPs的神經酰胺脂類和蛋白質可能是通過TLR4激活在巨噬細胞極化中發揮重要作用。 詳情可點擊： 中科項目文章 | 人參細胞外囊泡或成為癌癥免疫療法的新型納米藥物 3. Effect of Ethylene on Cell Wall and Lipid Metabolism during Alleviation of Postharvest Chilling Injury in PeachCells IF=5.656果實采摘后容易發生冷害，但是外源乙烯的處理可以減輕這種傷害。來自浙江大學的研究人員采用轉錄組+脂質組+中長鏈脂肪酸，揭示了外源乙烯在減輕桃子冷害過程中，乙烯反應因子（ERFs）發揮著重要的細胞壁修飾和脂代謝調節作用。 4.Cold-induced lipid dynamics and transcriptional programs in white adipose tissueBMC Biol IF=6.723冷刺激是一種普遍存在的環境應激，可以刺激誘導白色脂肪組織發生棕色化。在此過程中，脂質代謝及相關調節通路是如何變化的已引起了許多學者的關注。來自浙江大學動物科學學院的研究人員采用脂質組+轉錄組聯合分析方法，揭示了短期冷刺激處理下小鼠腹股溝白色脂肪組織的脂質代謝及相關信號通路的變化，并且發現一些特定的脂質可能與肥胖和糖尿病等代謝疾病相關。 中科新生命糖脂代謝解決方案 01糖代謝——能量代謝檢測產品糖代謝的研究目前主要是圍繞能量代謝開展。對此，中科新生命專門的能量代謝檢測產品，覆蓋糖酵解，TCA循環以及磷酸戊糖途徑，可滿足各位老師的研究需求。具體檢測指標如下： 02脂代謝——脂質組檢測產品針對脂代謝研究，中科新生命有成熟的脂質組學平臺，已與客戶合作發表了多篇文獻，其中包括IF>10的文章，滿足客戶脂質組成分析、疾病診斷以及脂代謝調控等研究需求。中科新生命擁有強大的售前全博士服務團隊，各位老師有任何實驗設計問題都可以與我們聯系，疫情階段更享受快速交付，21天數據到手。 往期回顧 1 【脂質組】EHJ 重磅！芬蘭研究團隊聯手Mayo Clinic實現脂質標志物臨床轉化 2 Cancer Res: 斯坦福研究團隊探究小細胞肺癌的脂質代謝調控機制 3 10" data-itemshowtype="0" tab="innerlink" data-linktype="2" hasload="1" style="margin: 0px; padding: 0px; text-decoration-line: none; -webkit-tap-highlight-color: rgba(0, 0, 0, 0); cursor: pointer; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; overflow-wrap: break-word !important;">最新高分文章套路 | 強強聯合（脂質組+DIA），IF>10 4 PNAS | 脂質組學揭示病毒感染引起的脂代謝異常及潛在治療靶點 5 【代謝專欄】植脂高峰|脂質組揭示擬南芥熱應激的響應機制 ...
近兩年，空間轉錄組技術大火，對新技術感興趣的小伙伴可能都已經看過幾篇空間轉錄組的文章了，但大家是否發現之前空間轉錄組文章中實驗所用的芯片規格和現在10x Genomics公司推出的Visium空間基因表達芯片規格是不同的呢？因為這些文章都是利用原Spatial Transcriptomics公司的技術，它在2018年底已被10x Genomics公司所收購。10x Genomics Visium空間基因表達解決方案是第一代“Spatial Transcriptomics”方法的升級版，空間分辨率是原來的5倍，具有更高的性價比。3月份，全球第一篇Visium預發表文章作者在10x官方網絡研討會上分享了空間轉錄組技術如何助力人類背外側前額葉皮層研究（詳情點擊下方閱讀原文），下面，就和勤勉的小編一起學習這篇文章吧~ 研究背景 大腦的功能與空間結構密切相關，這種結構-功能關系在人大腦皮層的層狀組織中尤為明顯，其中位于不同皮層的細胞表現出不同的基因表達模式，以及不同的形態、生理和連接模式。由于與神經精神疾病相關的基因表達于特定的大腦皮層，因此，在細胞分辨率下定位人大腦中空間基因的表達對于進一步了解疾病致病機制至關重要。本研究選擇人背外側前額葉皮層（DLPFC，一種與許多神經精神疾病有關的大腦區域）進行10x Genomics Visium空間轉錄組測序，繪制DLPFC基因表達的層狀圖譜，并利用已發表的大規模snRNA-seq研究的數據進行驗證，同時提高細胞亞群注釋的準確性。為了進一步臨床轉化應用，將本研究數據集與已發表的各種神經精神疾病基因集進行了整合，以證實自閉癥譜系障礙（ASD）風險基因的優先layer-enriched表達和幾種神經精神病的風險layer-enriched關聯，說明了本實驗數據可應用于臨床轉化。實驗材料人死后的背外側前額葉皮質（DLPFC）組織切片，12張，組織切片厚度為10 μm。文章思路圖1 文章研究概覽 主要研究結果1. Visium空間轉錄組數據統計選取3個正常成人，分別獲取0 μm處和300 μm處的2對連續的組織切片，每對連續的組織切片可作為空間重復，共12個樣本，平均每張切片測序量為291.1M reads，每個spot平均檢測到1,734個基因和3,462個唯一的UMI。平均每個spot包含3.3個細胞。在垂直于腦膜表面的平面中獲取組織切片，該平面延伸至灰質和白質交界處。通過勾畫第6層（L6）和相鄰的白質（WM）之間的邊界和通過每個組織切片的灰質/神經元，WM /少突膠質細胞和L5的標記基因（SNAP25、MOBP和PCP4）識別L5來確認每個樣品的方向。圖2 空間轉錄組實驗設計2. DLPFC的基因表達通過對每個空間重復中每一層每個基因的總UMI數生成layer-enriched表達譜來進行 pseudo-bulked處理，將12個樣本中的47,681個點匯總到76個分層聚合的基因圖譜中， 消除了稀疏性并大幅增加了基因的UMI覆蓋率。layer-enriched表達譜的無監督聚類揭示了與皮層差異（尤其是白質和灰質之間）相關的數據變化的主要成分，其在每對空間重復樣本中一致性較高。利用3種Layer-level基因建模策略（ANOVA、Enrichment和Pairwise）進行差異基因分析，均顯示人的成年DLPFC不同層之間廣泛的基因表達差異。圖3 DLPFC中Layer-enriched 基因表達3. 鑒定人類皮層中新的layer-enriched基因本研究系統的評估了已發表的人和嚙齒動物大腦皮層相關數據集中的marker基因在成人DLPFC 的layer-enriched基因表達數據集中的魯棒性，進一步證實了與分層富集相關的典型marker基因，同時利用艾倫大腦研究所的人類大腦圖譜中公開發表的smFISH數據進行驗證。本研究中還找到了新的layer-enriched差異表達基因，并利用RNA scope進行驗證。 圖4 已發表的smFISH數據驗證Visium數據集有效性 4. 單細胞核轉錄組測序（snRNA-seq）的空間注冊將人腦組織生成的snRNA-seq數據集增加空間分辨率，有可能為分子定義的細胞類型的功能提供更深入的了解。從Visium數據中enrichment model下獲得的layer-enriched表達譜和差異表達統計相關數據被用于snRNA-seq數據集進行空間“注冊”，可向不包含固有解剖信息的數據驅動的表達cluster中添加layer-enriched信息。首先使用來自已發表的snRNA-seq數據和bulk RNA-seq數據來驗證這種策略。然后使用layer-enriched的統計數據對來自人類皮層的三個獨立snRNA-seq數據集進行空間“注冊”，分別為本實驗的2個DLPFC樣本的snRNA-seq數據、已發表的48個阿爾茨海默病樣本的snRNA-seq數據和41個樣本的自閉癥譜系障礙的snRNA-seq數據，空間配準策略可應用于任何現有的來自分離細胞的snRNA-seq或scRNA-seq數據集，以補充解剖學信息。圖5 snRNA-seq數據空間注冊5. layer-enriched基因表達譜的臨床意義分別選取與不同紊亂疾病相關的基因集、各種腦疾病患者和正常人的死后大腦中差異表達的基因集和全轉錄組關聯研究（TWAS）的遺傳風險相關的基因集來評估空間基因表達的臨床相關性，證明了ASD和SCZD中涉及的基因的優先layer-enriched表達，分析結果顯示可通過將成年DLPFC的layer-enriched基因表達納入風險基因的解釋，以便收集臨床見解。例如，ASD和SCZD中涉及的基因的優先layer-enriched表達，主要與神經發育遲緩（NDD）相關的基因在L2中優先表達，而主要與ASD相關的基因在L5中優先表達。圖6 Layer-enrichment神經發育和神經精神的基因集6. DLPFC中的數據驅動的layer-enriched分群相對于基于細胞結構的人工注釋laminar cluster，本研究評估了基于空間可變基因的數據驅動的注釋方法。無監督的方法可以用來識別新的空間組織，特別是與抑制神經元亞群、腦血管或免疫功能相關的空間組織，同時還確定了NPY、HBB和IGKC的可變空間表達。layer-enriched基因可以用來幫助數據驅動的人類皮層聚類，并且比以前定義的標記表現得更好。數據驅動的方法可以識別之前未知的細胞組織，也可以應用于其他形態模式不像大腦皮層那樣明確的人類組織或大腦結構。圖7 DLPFC中的數據驅動的layer-enriched分群小結本研究繪制了人DLPFC的基因表達空間層狀圖譜，發現成年人DLPFC不同層之間廣泛的基因表達差異。利用已發表的大規模snRNA-seq研究的數據進行驗證，找到新的 layer-enriched 差異表達基因，以便提高細胞亞群注釋的準確性，同時空間“注冊”策略可對常規的snRNA-seq或scRNA-seq數據集進行解剖學信息的補充。通過將成年DLPFC的layer-enriched基因表達納入風險基因的解釋，以便收集臨床見解。數據驅動的方法可以識別之前未知的細胞組織，也可以應用于其他形態模式不像大腦皮層那樣明確的人類組織或大腦結構。鑒于空間轉錄組學有望將分子細胞類型與形態學、生理學和連接性相關的功能學聯系起來，這將成為神經科學和精神病學中轉錄組學的下一個前沿。安諾單細胞測序技術總覽作為國內單細胞測序技術整體解決方案的提供商，目前安諾基因單細胞多組學研究具有全面的產品，覆蓋三大組學（基因組、轉錄組、表觀組），擁有豐富的項目經驗、合作單位100+、物種經驗50+、多篇高分文章IF累計200+，能夠有針對性并準確服務于不同的研究領域及研究策略，使得科研工作者可以更深入地了解細胞間的異質性。 參考文獻：Kristen R. Maynard, Leonardo Collado-Torres, Lukas M. Weber,et al. Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex[J]. bioRxiv, 2020. ...
新冠病毒來勢洶洶國內尚未平息國外風起云涌可是疫情期間落下的科研進度怎么辦？居家期間能做些什么？想上課想看文獻想學習怎么辦看這里這些問題的答案，都在——金開瑞微信小程序識別下圖，趕快來體驗微官網，手機觀看體驗好小程序在手，技術資料通通有，講座錄屏搶先看積分商城，來就“兌”了兌服務兌禮品24h自助兌換,隨時查看訂單狀態未完待續金開瑞硬件設施在不斷強大同時軟件設施也不斷突破創新更多功能等您在線解鎖小程序上線福利走一波活動時間2020年4月15日-2020年12月31日活動內容凡在金開瑞訂購引物合成、基因合成、DNA測序等分子服務，訂單每一元可在金開瑞小程序積分商城兌換1個積分，積分可用于兌換服務、禮品等�；顒诱f明1、此活動不與其他活動共享2、此活動最終解釋權歸武漢金開瑞生物工程有限公司所有偷偷告訴你，進入小程序簽到送積分、推薦送積分答疑送積分、抽獎送積分更多會員福利，等你來拿 ...
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